La chiesa venne fondata nel 1607 per volere del vescovo Carlo Bascapè, già segretario di Carlo Borromeo, sul sito di un preesistente piccolo oratorio detto di San Marchino. Il progetto sembra essere dell'architetto e padre barnabita Lorenzo Binago che concepì un edificio con pianta a croce latina, a navata unica con sei cappelle laterali e cupola a pianta rettangolare. La eresse entro il 1617.

L'interno presenza una fastosa decorazione barocca eseguita impiegando marmi rossi, porfido statuario, legni patinati, dorature e stucchi. Gli affreschi della volta dell'abside e e della cupola raffigurano Dio Padre benedicente e la Gloria di San Giovanni Evangelista; nelle vele gli Evangelisti e le Sibille. Opere eseguite fra il 1613 e il 1615 dal Moncalvo.

L'attenzione del Bascapé si rivolse inizialmente alla cappella dedicata a San Carlo, una tra le più precoci dedicate al santo canonizzato nel 1610 insieme a quella della Chiesa di San Paolo Converso a Milano delle Suore angeliche di San Paolo. L'incarico della decorazione avrebbe dovuto essere assegnato al Cerano già impegnato però appunto a Milano, venne quindi scelto Guglielmo Caccia. La chiesa, oltre a preziosi arredi lignei e marmorei, e agli affreschi del Moncalvo, conserva importanti opere d'arte: Martirio di San Marco, tela di Daniele Crespi, 1626, Presentazione della Croce, tela di Camillo Procaccini.