Il museo della rocca paolina si articola in tre sezioni:

- quella concernente la conformazione urbanistica della zona di Perugia in cui la rocca insisteva, nel periodo antecedente alla sua costruzione.
- i dettagli del progetto di costruzione
- il rapporto tra la rocca paolina e Perugia le distruzioni della rocca paolina, ed in particolare la distruzione definitiva avvenuta dopo il plebiscito e l’unità d’Italia.