Le collezioni di meccanica agraria provengono da tre Enti: dal Regio deposito di macchine agricole; dalla Fondazione per l’istruzione agraria di Perugia e da Banca Etruria. Il Regio deposito era una struttura ministeriale istituita nel 1898 allo scopo di permettere «a titolo di sperimento alle Scuole, ai Comizi, alle Associazioni e ai privati agricoltori, le macchine e gli strumenti rurali moderni in modo da diffonderne l'uso per l'incremento dell'agricoltura»; per questo scopo il deposito era fornito di macchinari di provenienza estera, tra cui attrezzature americane, inglesi, tedesche e francesi. Le attrezzature mantengono ancora, eccezionalmente, le vernici originali, con le antiche scritte e decalcomanie, fatto che ne aumenta il valore storico e documentario.

Il deposito venne soppresso nel 1926 e le attrezzature passarono alla cattedra di meccanica della facoltà di agraria. I macchinari della Fondazione per l’istruzione agraria conservati nel laboratorio sono interessanti in quanto provenienti dall’azienda che circonda il museo e in quanto testimonianza della storia di una delle più importanti tenute della regione.

Il terzo nucleo di attrezzature proviene da una donazione di Banca Etruria e ha consentito di ampliare notevolmente alcuni settori dell’esposizione, in particolare quelli riguardanti la trasformazione dei prodotti agricoli e i mestieri legati al mondo rurale. L’antichità dei macchinari di Banca Etruria ha consentito inoltre di ampliare la cronologia delle raccolte, altrimenti concentrata al periodo compreso tra la fine del XIX secolo e i primi decenni del XX secolo.