La collezione donata da Orazio Antinori nel 1833 alla Libera Università di Perugia, arricchita da numerose donazioni nel corso degli anni, è costituita oggi da oltre 800 campioni. Gran parte dei campioni appartengono all’avifauna del Paleartico occidentale e molti di essi furono raccolti da O. Antinori e dal fratello Raffaele in Italia, principalmente in Umbria e nel Lazio. Nella Sezione Paleartica figurano anche diversi campioni originari dell’Asia Minore (Bosforo e circondario di Smirne - Izmir), mentre una piccola parte fu acquistata dall’Antinori presso il Mercato di Pera (Beyoglu), in Costantinopoli (Istanbul) nel 1861.  Un quantitativo considerevole di campioni, provenienti da diverse Regioni Zoogeografiche (es. Neotropicale, Orientale e Australiana) è costituito da donazioni di illustri naturalisti dell’epoca, tra i quali il Marchese genovese Giacomo Doria (1840-1913) fondatore del Museo Civico di Storia Naturale di Genova, il naturalista fiorentino Odoardo Beccari (1843-1920), l’esploratore genovese Luigi Maria D’Albertis (1841-1901) e il perugino Mons. Giulio Cicioni (1844-1923). I pochi esemplari presenti della ricca e diversificata avifauna dell’Africa Nord-Orientale provengono in parte da donazioni del Ten. Arnaldo Vibi (1863-1896) di Città di Castello, e in parte dalle spedizioni dell’Antinori.

La collezione mineralogica di G. Cicioni è costituita da oltre 500 campioni, provenienti da varie regioni d’Italia, d’Europa e dell’intero pianeta. La maggior parte di tali campioni è formata da minerali raccolti in Italia centrale, principalmente dall’Umbria e dalla Toscana, dal Lazio e dalle Marche.

La collezione petrografica di G. Cicioni è costituita da oltre 300 campioni di rocce ignee, sedimentarie e metamorfiche, provenienti da varie regioni d’Italia, principalmente dall’Umbria, Toscana, Lazio, Marche, ma anche da varie aree delle Alpi e dell’Italia meridionale e insulare. Particolare interesse culturale riveste una ricca

La collezione paleontologica di G. Cicioni è costituita da oltre 600 campioni. La parte più consistente è formata da una ricca collezione di invertebrati, soprattutto Molluschi marini, raccolti tra la fine dell’Ottocento ed i primi del Novecento nelle colline argillose e sabbiose plioceniche dell’Umbria occidentale e delle aree confinanti della Toscana meridionale. La raccolta di Vertebrati, invece, consta di vari resti ossei di Mammiferi continentali provenienti da varie zone dell’Umbria, soprattutto dal Bacino Tiberino ma anche da siti in grotta dell’Appennino Umbro-Marchigiano. Una piccola parte della collezione è costituita da campioni di fossili vegetali ed animali provenienti da varie regioni del pianeta e di diverse ere geologiche, dai trilobiti paleozoici del Maghreb sino ai resti ossei di grandi Mammiferi del Pleistocene del Sudamerica.

La raccolta entomologica della collezione naturalistica di G. Cicioni consta di 1531 esemplari, Aracnidi e Insetti, ripartiti in 30 scatole. Esse racchiudono per la maggior parte Lepidotteri, molti dei quali provenienti da regioni tropicali. In particolare sono rappresentate ben 17 famiglie di Ropaloceri. Altri ordini presenti nella raccolta sono quelli dei Coleotteri, per lo più campioni di Buprestidi e Curculionidi, nonché Ortotteri, Odonati, Imenotteri ed Emitteri.

La collezione malacologica di G. Cicioni è costituita da oltre 2000 campioni, rappresentativi delle più importanti classi del phylum dei Molluschi (Mollusca) come i Poliplacofori (Polyplacophores), i Gasteropodi (Gastropoda), gli Scafopodi (Scaphopoda), i Bivalvi (Bivalvia), ed i Cefalopodi (Cephalopoda), provenienti da varie regioni del pianeta. La parte più consistente è formata da raccolte di Molluschi del Mare Mediterraneo e delle acque tropicali dell’Oceano Indiano e dell’Oceano Pacifico (Provincia Malacologica Indo-Pacifica).

La collezione ornitologica G. Moretti è costituita da oltre 100 campioni, rappresentativi dell’avifauna del bacino del Lago Trasimeno e comprende sia specie stanziali e nidificanti che migratrici, di passo e svernanti. Particolare interesse riveste la raccolta di Anatidi (Anatidae) che comprende tutte le principali specie osservabili nelle acque del Lago Trasimeno, diverse delle quali rappresentate da campioni dei due sessi, in modo da permetterne lo studio del marcato dimorfismo sessuale.