L'oratorio ha assunto l'attuale compagine dopo i lavori di ristrutturazione voluti nel 1663 dal rettore dell'ospedale, Francesco Roncaglia: di piccole dimensioni, si compone di tre navate scandite da pilastri a sezione quadrata e dalle superfici scanalate.

Al settimo decennio del XVII secolo risale anche l'apparato decorativo (ad eccezione degli affreschi dell'abside, realizzati nel secolo precedente): lo stuccatore Domenico Reti realizzò la rifinitura plastica dei capitelli, ornati con elementi zoomorfi e fitomorfi (soprattutto sparvieri e gigli, simboli araldici farnesiani), e la sontuosa decorazione barocca del semplice sepolcro di Rodolfo Tanzi (collocato in fondo alla navata sinistra, scolpito in arenaria da Antonio d'Agrate a metà del Cinquecento); Reti realizzò due figure femminili assise sull'arca (le allegorie della Carità e della Religione) e il busto clipeato del Tanzi.

La decorazione a fresco, affidata a Giovanni Maria Conti della Camera (coadiuvato da Francesco Reti e Antonio Lombardi) e realizzata tra l'agosto del 1663 e il 18 dicembre 1666, copre tutta la volta e le lunette delle campate delle navate laterali ed è improntata al tema del soccorso ai poveri e agli infermi: sono infatti rappresentate le immagini dei santi protettori degli xenodochi che avevano contribuito a creare l'Ospedale della Misericordia (Vincenzo, Nicomede e Bovo) e quelle di numerosi altri santi e beati tradizionalmente invocati per il loro potere taumaturgico (Cosma e Damiano, Rocco, Fabiano e Sebastiano) o di largo seguito popolare (Francesco Saverio).