Prima sede dei francescani a Parma, venne edificata nel XIII secolo grazie ai singoli spontanei contributi della popolazione, che donò materiali e manodopera. Nei secoli successivi divenne una delle chiese più importanti della città, tanto che le più prestigiose famiglie nobili la scelsero come proprio luogo di sepoltura; tra queste vi sono la famiglia Arcimboldi, i Terzi, i Rossi, i Sanvitale, i marchesi Meli Lupi e gli Aldighieri. Il rosone, opera del maestro Alberto da Verona, venne realizzato nel 1461 e il suo diametro, al netto della cornice in cotto è pari ad una pertica parmigiana, cioè 3,27 metri. È composto da 16 raggi, numero che per gli occultisti medievali rappresentava la casa di Dio.

In seguito alle soppressioni napoleoniche nel 1800, la chiesa divenne il carcere cittadino fino al 1993. Questo ne snaturò il carattere storico-monumentale: vennero aperte nuove finestre rettangolari, distruggendo l'antico pronao, e ricoperti gli affreschi gotici con vernice grigia, che in parte li ha conservati. Ad esempio, al centro dell'abside è stato ritrovato un affresco raffigurante Cristo Pantocratore, attribuito a Bartolino de' Grossi (al quale vengono anche attribuite le cappelle Valeri e Ravacaldi all'interno del duomo) e al suo allievo e genero Jacopo Loschi. La chiesa, la cui lunghezza supera quella del duomo, fu divisa in settori e in piani per installarsi le celle carcerarie e una falegnameria nella navata centrale. Il campanile venne trasformato per ricavarvi celle di rigore, una delle quali ospitò Gaetano Bresci, il regicida di Re Umberto I di Savoia. La cella del parmense Giovannino Guareschi si trovava invece all'interno dell'ex convento.

La più grande cappella della Chiesa di San Francesco del Prato, oggi conosciuta come oratorio della Concezione, venne progettata da Bernardino Zaccagni e Gian Francesco Ferrari d'Agrate. Costruito nel XVI secolo, a forma di croce latina (e ridotto in seguito dal carcere in croce greca), presenta pregevoli affreschi di Michelangelo Anselmi e Francesco Maria Rondani, entrambi collaboratori del Correggio. All'inizio del 1800 fu trasformato in deposito di foraggi e successivamente venne riaperto al culto come cappella del carcere, trasformazione che lo salverà dai danni subiti dal resto della chiesa. Divenne poi una segheria e un deposito di mobili, dopodiché venne riaperta nel 1958, in occasione del centenario delle apparizioni di Lourdes. L'8 dicembre 1970 fu nuovamente affidata ai francescani conventuali, tornati a Parma dopo quasi due secoli.