La facciata marmorea della chiesa fu disegnata da Simone Moschino in stile tardo manierista nel 1604 e completata nel 1607 con la sovrintendenza di Giovan Battista Carrà detto il Bissone. Il campanile, probabile opera di Giovanni Battista Magnani, presente sul lato destro, fu aggiunto nel 1613. Con un'altezza di 75 metri è il più alto di Parma.

Le dodici cappelle laterali vennero affrescate da artisti per lo più emiliani nella seconda metà del Cinquecento e nella prima del secolo successivo. Si contano lavori di Angelo Michele Colonna, Giacomo Alboresi, Giovanni Battista Merano, Giacomo Antonio Boni, Tommaso Aldrovandini e Carlo Giuseppe Carpi.

La grande cupola fu dipinta dal Correggio nel 1520, anticipando quella del Duomo che lo stesso Correggio eseguì dal 1526. Rappresenta la Visione di san Giovanni, con l'apostolo che vede spalancarsi i cieli e comparire uno sfolgorante Cristo, che gli indica il suo posto nella cerchia degli apostoli.

Le grottesche della crociera sono attribuite a Correggio, mentre i putti nelle vele furono aggiunti più tardi, verso il 1588, da Innocenzo Martini, che dipinse anche le figure sulle cantorie e sull'organo. L'altare maggiore è decorato da marmi screziati di vari colori, su disegno di Bartolomeo Avanzini. La firma di Bernardo Falconi si trova apposta su uno degli otto Putti in bronzo che reggono la mensa dell'altare maggiore.

Sulla parete di fondo si trova la grande pala della Trasfigurazione di Girolamo Bedoli-Mazzola (1556 circa), che disegnò anche la cornice, riccamente intagliata da Gianfrancesco Testa. Il coro ligneo venne intarsiato e imperniato con motivi floreali, vedute urbane e collinari, strumenti musicali, ecc. da Marcantonio Zucchi, che vi lavorò dal 1513 al 1531, a cui seguirono i fratelli Gianfrancesco e Pasquale Testa, fino al 1538.

Del Correggio è notevole è l'affresco della lunetta del portale che porta alla sagrestia, sulla porta che conduce al chiostro, con San Giovanni e l'aquila. Gli affreschi della cupola e della lunetta sembrano chiaramente ispirati alla liturgia medievale benedettina in uso per la festività di San Giovanni Evangelista (27 dicembre).

La sagrestia venne affrescata nel 1508 da Cesare Cesariano. Conserva un bel rivestimento ligneo del Seicento e un armadio portareliquie, nel vano ottagonale annesso a questo ambiente, con due ante dipinte da Michelangelo Anselmi nel 1618.