Le sale di questo Museo sono state arredate con tre banconi chimici e numerose vetrine che raccolgono gli apparati e gli strumenti della collezione, testimonianza delle differenti tematiche di ricerca portate avanti a Palermo e delle loro diversificazioni, specie dopo la fondazione degli Istituti di Chimica Organica (1951) e poi di Chimica Fisica (1961). Fu Stanislao Cannizzaro il primo ad impegnarsi, sin dalla sua nomina a professore ordinario di Chimica Organica e Inorganica nel 1861, affinché l’Università di Palermo si dotasse di un laboratorio di chimica, moderno e funzionante, destinato non solo alle ricerche del professore e degli assistenti, ma anche alle esercitazioni pratiche degli studenti.

I pezzi più antichi della collezione risalgono agli anni di Cannizzaro e mostrano come ancora, nella seconda metà dell’ottocento, la strumentazione utilizzata dai chimici, e con la quale essi ottenevano notevoli risultati, fosse piuttosto semplice per non dire rudimentale. Essa consisteva essenzialmente in recipienti di vetro o porcellana, utilizzati per preparare, raccogliere, conservare sostanze solide, liquide o gassose, per misurarne il volume, per scaldarle, per farle reagire. Tra gli strumenti esposti, numerose bilance a due bracci, munite di scatole con pesi in ottone o cristallo di rocca, oppure dotate di dispositivi semiautomatici per il caricamento dei pesi.

Il Museo conserva inoltre le tracce della prestigiosa scuola chimica internazionale, voluta da Cannizzaro durante la sua permanenza a Palermo, tra il 1862 e il 1872, della quale fecero parte un certo numero di giovani chimici stranieri come il francese Alfred Naquet, l’austriaco Adolf Lieben, il tedesco Wilhelm Körner e il palermitano Emanuele Paternò. Le ricerche che Cannizzaro condusse a Palermo furono d’avanguardia in campo internazionale e l’insegnamento della chimica, basato sulla versione più completa e accurata della teoria atomico - molecolare, che questi ricercatori portavano avanti, non aveva eguali in Italia, e forse neanche in Europa.