La pianta concepita da Paolo Amato risulta dall'innesto di una croce greca su un vasto dodecagono irregolare inscritto in una ellisse. Geometrie e stili influenzati dall'architettura borrominiana, ma soprattutto da Pietro da Cortona e dal Bernini, sperimentata dall'Amato in un altro notevole impianto planimetrico ellittico: quello della chiesa di San Carlo dei Milanesi del 1691.
I due ordini di paraste sono divisi da una cornice continua che segue l'andamento della pianta che genera un "affaccio" o ballatoio che le monache potevano percorrere lungo tutto il perimetro dell'edificio, assistendo indisturbate alle funzioni. Lo sviluppo parietale è tripartito in un primo ordine d'altari, un secondo ordine di finestre e cantorie, il terzo da logge.
Ma ciò che colpisce maggiormente l'immaginazione è il fastoso interno, interamente decorato da marmi policromi, stucchi ed affreschi. A proposito di questi ultimi le fonti attribuiscono quelli del cupolino che chiude il cappellone maggiore a Filippo Tancredi del 1705 con l'Adorazione dell'Agnello Mistico e quelli che decorano il vestibolo d'ingresso e la volta (1765) al grande artista palermitano Vito D'Anna: La guarigione di un bimbo per intercessione di San Basilio e la Predica di San Basilio, le figure allegoriche della Fortezza, Prudenza, Temperanza e della Giustizia nel vestibolo, quelle della Fede e della Carità nei pennacchi.
La chiesa, seriamente colpita dai bombardamenti anglo-americani del 1943 che ne distrusse parte dell'apparato, intorno al 1959 fu restaurata e trasformata dall'architetto Franco Minissi in auditorium.
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