Il museo raccoglie collezioni di insetti e di altro materiale zoologico costituite a partire dal 1876 allorquando Achille Costa (1823-1898), ordinario di zoologia dell’Università degli studi di Napoli, fu chiamato a svolgere il corso di entomologia agraria presso l’allora Scuola Superiore di Agricoltura a Portici. Gli interessi di Costa erano orientati principalmente allo studio degli acari di cui allestì una interessante raccolta di un migliaio di preparati microscopici riferibili a svariate famiglie. Nel 1889 in uno dei locali del Gabinetto di Zoologia fu sistemata una piccola collezione costituita da 90 cassette entomologiche contenenti materiale raccolto nel Parco Gussone.

Attualmente le collezioni comprendono decine di migliaia di campioni, relative a numerosi ordini di insetti: apterigoti (oltre 2000 preparati), termiti (884 specie), cocciniglie (6000 campioni circa) e migliaia di campioni di imenotteri e coleotteri. È presente, inoltre, una raccolta ornitologica risalente all’ultimo decennio del XIX secolo.