Le sezioni espositive comprendono al piano terra la navata, le cappelle (a sinistra le cappelle dell'Immacolata, del Rosario e del Carmine e a diestra quelle di Sant'Antonio, dell'Annunziata e di San Francesco) e il presbiterio della chiesa, a cui si aggiungono gli ambienti ai lati e dietro il presbiterio (la sacrestia e l'antisacrestia a destra e il "comunichino" a sinistra, con i "passetti" che permettono di accedervi dalla navata e la zona "retroaltare che mette in comunicazione sacrestia e comunichino.

Al primo piano le opere sono allestite nel coro delle monache, che si affaccia sul presbiterio, nel coro delle converse, sulla controfacciata, e negli ambienti a destra e a sinistra sopra le cappelle laterali. Comprendono sale dedicate ai temi della Passione di Cristo e dei sacramenti, al martirio, alla vita consacrata (monachesimo, ordini mendicanti, chierici regolari) e alle opere di misericordia. Altre sale ospitano preziosi e reliquie, le statue lignee e un piccolo lapidario.