Il Museo di Paleontologia di Napoli è il più recente dei quattro afferenti al "Centro Musei Scienze Naturali" dell'Università Federico II. Venne istituito nel 1932 anche se già prima di questa data, nell'Ottocento, collezioni fossili erano ospitate nel Real Museo Mineralogico di Napoli. Oggi si trova nel Chiostro dei Santi Marcellino e Festo. Espone diverse collezioni: pesci fossili provenienti da Giffoni Vallepiana, Pietraroia e Castellammare di Stabia, mammiferi (come un cranio di un giovane Elephas antiquus italicus), una palma fossile, rettili marini e rettili volanti. Dal 1996 è presente un esemplare fossile molto ben conservato di Allosaurus fragilis proveniente dal Nord America.

Tra le raccolte di fossili provenienti dal Real Museo Mineralogico, figuravano quelle frutto di ricerche in Puglia (esemplari di molluschi delle argille plioceniche di Gravina, raccolte da Scacchi), in Calabria, in svariate zone dell'Italia meridionale (molluschi dell'Isola d'Ischia e del M. te Somma) e quelle acquistate presso rinomate istituzioni scientifiche. Tra i vertebrati erano già presenti tre esemplari di grandi rettili marini (Ittiosauri) e di pesci del Lias del Württemberg, acquistati tra il 1841 ed il 1861.