Il primo nucleo del Museo botanico intitolato ad Orazio Comes risale all’opera di Nicola Antonio Pedicino, che ricoprì per primo la cattedra di Botanica della Reale Scuola Superiore di Agricoltura di Portici, fondata nel 1872. Pedicino fu anche artefice dell’istituzione dell’Orto botanico e di una xiloteca. La Scuola e l’Orto fecero sì che Portici divenisse un importante centro di studi scientifici che, nel fiorire delle scienze naturalistiche nella Napoli di fine Ottocento, favorì la formazione di numerose collezioni.

Fu però Orazio Comes a riunire, tra il 1877 ed il 1917, un cospicuo patrimonio scientifico, nel quale spicca un Erbario costituito da campagne di ricerca e dall’acquisto di importanti erbari e reperti come la Xilotomoteca italica di Adriano Fiori. Di particolare interesse sono gli erbari storici, tra i più antichi d’Europa, comprendenti collezioni di essiccata di altissimo valore quali quelle di Vincenzo Petagna, Domenico Cirillo, Vincenzo e Francesco Briganti, oltre a numerose altre collezioni provenienti da escursioni ed erborizzazioni in diverse aree del mondo. Rilevanti inoltre sono le collezioni didattiche di vetrerie e tavole iconografiche e gli acquarelli ottocenteschi raffiguranti frutta e ortaggi. A cavallo tra Otto e Novecento le collezioni si arricchirono con contributi di scienziati autorevoli, quali Michele Tenore, Giovanni Gussone e Giuseppe Antonio Pasquale.