L'interno della chiesa è sicuramente tra i più belli della città; si presenta con un intatto fascino datogli soprattutto dalle splendide decorazioni in marmo ed in legno ad intagli. La decorazione principale, interamente in marmi policromi, risale al XVIII secolo e fu progettata da Luigi Vanvitelli ed eseguita dai marmorari Antonio Di Lucca e Domenico Tucci tra il 1759 e il 1767; le gelosie in legno intarsiato furono realizzate tra il 1761 e il 1765 da Giuseppe D'Ambrosio; dello stesso architetto sono le due cappelle nel transetto.

Nell'interno vi sono inoltre opere di Giuseppe Simonelli, Belisario Corenzio (cupola e archi delle cappelle) e Massimo Stanzione (soffitto).

Pregevole è pure l'altare maggiore, realizzato nel 1666 da Dionisio Lazzari e decorato da statue di Lorenzo Vaccaro; il Lazzari operò anche in una cappella della chiesa con altare settecentesco progettato da Mario Gioffredo ed eseguito da Antonio Di Lucca.