La raccolta di opere d'arte dell'Arciconfraternita della Misericordia è ospitata in un vasto salone al primo piano di Palazzo Roffia, la cui costruzione, su progetto di uno dei figli dell’architetto Baccio d’Agnolo, fu commissionata da Tommaso Roffia.Il museo è allestito in un’ampia sala al primo piano dell’edificio ed è costituita da un cospicuo numero di opere d’arte, paramenti sacri e oggetti devozionali legati alla funzione istituzionale dell’Arciconfraternita. Questi oggetti consentono al visitatore di ripercorrere la storia di questa importante istituzione, da secoli vicina alla comunità sanminiatese.

La collezione vanta anche preziosi reliquiari , tra cui uno contenente la stola di San Carlo Borromeo, giunta nella collezione per i vincoli parentali che univano i Borromeo ai Roffia, nonché preziose opere d’arte di epoca medievale, rinascimentale e barocca. Tra queste ricordiamo il gruppo ligneo della Deposizione, costituito dalle figure quasi ad altezza naturale di Cristo, della Vergine e di San Giovanni. L’opera, che proviene dalla sagrestia della cappella della SS. Trinità ed è databile alla fine del XIII secolo, è di particolare interesse non solo per la finezza compositiva e la carica drammatica ma anche perché testimonia la precoce diffusione di questa iconografia in Toscana già sul finire del XIII secolo.