Nel riordinare le opere, si è ripristinato il disegno espositivo precedente, correggendo alcuni spostamenti che nel corso degli anni lo avevano alterato: le prime cinque sale, caratterizzate dalle pareti rosse, sono dedicate ai dipinti donati all'Accademia nel 1828 da Monsignor Vincenzo Maria Mossi di Morano, con artisti del Quattro-Cinquecento di scuola fiorentina e piemontese (sala 1), del Cinque-Seicento di scuola ligure (sala 2), di pittori caravaggeschi (sala 3), fiamminghi ed italiani del Seicento (sala 4), paesaggisti del Sei-Settecento (sala 5).

L'ambiente successivo segna una sorta di cerniera tra la collezione Mossi e gli ambienti dedicati alla storia dell'Accademia ed è una delle novità del percorso: accoglie le copie di dipinti celeberrimi di Raffaello, Andrea del Sarto, Caravaggio, Guido Reni, Rubensm alcune donate dal nostro Abate, altre di diversa provenienza, che formano una sorta di Olimpo dei Maestri ritenuti eccelsi dalla cultura classicista ed Accademica. Questa inedita Sala delle copie, che potrà accrescersi di altri dipinti simili tratti dai depositi, intende alludere alla tradizionale sistemazione delle repliche di capolavori all'interno delle aule scolastiche perché fossero oggetto di studio ed esercizio pratico, secondo la metodologia didattica in uso fino alla metà circa del Novecento.

La seconda parte del percorso espositivo della Pinacoteca, nelle sale tinteggiate di azzurro, è dedicata alle opere di maestri e allievi dell'Accademia del primo Ottocento (sale 7 e 8) e ad altre importanti donazioni e acquisizioni susseguitesi nel corso della vicenda scolastica (sala 9), cui segue l'importante collezione di cartoni di Gaudenzio Ferrari e della sua scuola offerti da Carlo Alberto (sala 10): per l’esposizione del fragile e prezioso materiale è stato conservato il funzionale allestimento precedente caratterizzato da una illuminazione ribassata, necessaria per una corretta conservazione delle opere su carta, e dotato di pannelli scorrevoli che permettono la consultazione e il confronto di tutti i disegni.