Il museo è alloggiato all'interno dell'ex Chiesa di San Gregorio, costruita nel periodo longobardo di Salerno intorno all'anno mille. Il Museo Virtuale di Salerno, gestito da associazioni locali, si basa su un'organizzazione molto moderna: filmati e riproduzioni 3D, interpretati da attori professionisti, ripercorrono le tecniche e le conoscenza della Scuola Medica Salernitana, specialmente nei suoi secoli di gloria (X - XIII secolo).

Vi si trovano, esposte in pannelli luminosi, le riproduzioni dei preziosi codici manoscritti e miniati di produzione medioevale della Scuola Medica Salernitana. La sezione più ricercata dai turisti è quella dove si espone il famoso Regimen Sanitatis Salernitanum, l'opera a cui è maggiormente legata la fama mondiale della Scuola Medica.

Il pavimento della sala principale è realizzato in vetro, così da lasciare a vista l'antica struttura preesistente. Osservando con attenzione si vedranno una serie di strumenti chirurgici, originali e ricostruiti, dei primi medici della storia. Interessanti, infine, i pannelli dedicati a Trotula de Ruggiero, la prima donna medico della storia e che propone ai visitatori un'attenta analisi sul ruolo della donna nel Medioevo.