L'esposizione museale si trova al primo e al secondo piano di Palazzo Sassi de' Lavizzari, mentre al terzo, un sopralzo ottocentesco, si trovano gli uffici ed una sala mostre. Accanto ad una sezione archeologica, che documenta i rinvenimenti locali e propone alcuni lasciti antiquari, come la collezione numismatica Sertoli, spiccano una sezione dedicata al costume del Settecento, diverse tele di Pietro Ligari, il più importante pittore valtellinese, e dei suoi figli Cesare e Vittoria. Da segnalare inoltre una pregevole stua intagliata, con un soffitto recante gli stemmi delle famiglie dei Grigioni che dominarono la valle dal 1512 al 1797, sculture lignee policrome di soggetto sacro, risalenti prevalentemente all'epoca della Controriforma, paradigmi esemplari della religiosità e dell'arte locale.