Il Museo è composto da reperti provenienti da altri Conventi Cappuccini della Sardegna e dalle collezioni raccolte dai Frati: al primo piano si trovano documenti cartacei corali miniati, salteri di uso fratesco, decreti papali datati dal XVI in poi; reliquie, statue di Santi, tabernacoli e ostensori e altri oggetti sacri.

Un’altra sezione è dedicata alla pittura con dipinti a partire dal XVI secolo e alla collezione di reperti archeologici che spaziano dall‘epoca neolitica a quella paleocristiana e bizantina. Un altro settore contiene invece materiale etnografico ed è dedicato alla ricostruzione della vita quotidiana all‘interno del Convento.