Inizialmente l'allestimento prevedeva una prima sezione dedicata alla Prima Guerra Mondiale, e altre sezioni che ordinavano oggetti e cimeli, documenti medievali, materiale riguardante Rivoluzione Francese e Risorgimento, e la caricatura.

Al momento il Museo contiene diversi cimeli che risalgono alla Prima Guerra Mondiale, alla Guerra di Eritrea e a quella Libica, armi, tra le quali sono presenti anche esemplari provenienti dalla Guardia Nazionale e pezzi borbonici, una divisa garibaldina, una raccolta di caricature di Esperus e Frate Menotti, filmati e foto d'epoca di grande interesse storico perché testimoniano l'immagine urbanistica cittadina prima degli interventi novecenteschi, libri e cartoline, un documento autografo di Mazzini, sigilli e calchi medievali e soprattutto il primo libro stampato a Bari negli anni '30 del Cinquecento.

Una parte molto importante del materiale esposto proviene dalla collezione donata dalla famiglia Tanzi, che apporta una raccolta di armi di grande valore, la quadreria di famiglia e soprattutto la documentazione d'archivio, che si costituisce come una fonte storiografica fondamentale per la ricostruzione storica del territorio tra il Cinque e l'Ottocento.