Il museo, presso il Cassero di Porta Lame, contiene molteplici esemplari di cristallizzazioni. La maggior parte del patrimonio mineralogico si riferisce all'area dei Gessi Bolognesi, ma non mancano campioni provenienti da altre aree geografiche italiane ed estere.

Oltre a mineralizzazioni e concrezionamenti, il museo prevede anche alcune vetrine espositive di carattere "storico". Qui si possono ammirare gli strumenti utilizzati dai primi esploratori del GSB. Corredano le collezioni una biblioteca speleologica contenente circa novemila volumi e un archivio fotografico ricco di circa cinquemila immagini di grotte e ambienti carsici.