Il Museo, inaugurato nel 1990 da Papa Giovanni Paolo II, raccoglie in un itinerario agevole e coerente tutti i ricordi di S. Alfonso Maria de’ Liguori, disposti ordinatamente negli stessi ambienti da lui abitati e permette al visitatore di ripercorrere la sua vita, dalla giovinezza all’estrema vecchiaia. Il clavicembalo su cui compose il celebre canto natalizio “Tu scendi dalle stelle”, il presepe in ceramica di Capodimonte e i dipinti di scuola napoletana esprimono anche i gusti artistici della Napoli del Settecento. Le vesti liturgiche, le lettere autografe, i suoi libri, gli strumenti di penitenza, la sedia a due ruote e, infine, la maschera di cera che reca l’ultima impronta del suo volto, sono testimonianza dell’impegno e del rigore morale del Santo che concluse la sua lunga e proficua vita il 1° agosto del 1787 proprio qui, nella sua umile e austera cella, che ancora oggi si può ammirare intatta nell’arredo.
La Pinacoteca ospita circa 100 dipinti, tra cui numerosi ritratti del Santo. Di notevole interesse alcune opere del Cinquecento di scuola italiana e fiamminga, come la “Madonna con il Bambino” di Decio Tramontano e l’“Annunciazione” e la “Madonna del Rosario” di Teodoro d’Errico. Spiccano inoltre esempi pregevoli di pittura napoletana del Settecento di Francesco Solimena e la sua scuola, tra cui si possono ammirare la "Nascita della Vergine" e la "Nascita di S. Giovanni Battista".