La collezione ornitologica è costituita da oltre 800 esemplari appartenenti a più di 250 specie diverse in particolare esemplari dell'avifauna stanziale e migratoria del territorio del Lario e nasce in collaborazione con il naturalista Luigi Scanagatta studioso di ornitologia, malacologia e botanica.
Il museo viene creato nel 1962 con la collaborazione di Luigi Scanagatta, Ugo Maloberti, Stefano Dellamano, Palmiro Gilardoni e altri appassionati di scienze naturali e fauna del territorio lariano attivi in particolare nella Pro Loco di Varenna. Nel 1982 il museo diventa civico e viene ristrutturato con la collaborazione anche di Giacomo Perego del Museo di Varenna. Successivamente il museo si arricchisce con la donazione di Padre Tarciso Scanagatta dell'archivio di Luigi Scanagatta, che include una biblioteca scientifica (con oltre 1500 volumi di ornitologia, zoologia, malacologia e botanica), il suo epistolario (con la corrispondenza con studiosi italiani e stranieri) e la collezione malacologia. Il museo è gestito in collaborazione con l'Associazione Culturale "L.Scanagatta".
