Situato all’interno della piccola chiesa di San Francesco, il museo accoglie la collezione della marchesa Marianna Panciatichi Ximenes d’Aragona Paolucci, grande appassionata di ornitologia. Buona parte degli esemplari, raccolti fra il 1866 ed il 1911, proviene dalla tenuta del Monte (San Gimignano).

L’intera collezione, attualmente esposta in 371 esemplari, fu ceduta dalla marchesa al Comune di San Gimignano nel 1927 ed è stata collocata nella sede attuale nel 1990, con un allestimento curato dal Dipartimento di Biologia Ambientale dell’Università di Siena e dall’Istituto Nazionale di Biologia della Selvaggina.