Il Museo offre al suo interno la possibilità di assistere allo scavo del paleosuolo effettuato dagli studiosi. La nuova struttura concepita come un laboratorio permanente dove i reperti vengono scavati, restaurati, studiati ed esposti in loco, è stata costruita proprio sullo scavo del paleosuolo, in modo tale da coinvolgere pienamente e totalmente il visitatore.

Il percorso espositivo si compone di quattro sezioni museali: “Evoluzione fisica e culturale di Homo”, “Archeosuperficie di Isernia La Pineta”, “Uomini, attività, ambienti e animali di Isernia La Pineta” e “Preistoria in Molise”. Ogni settore è concatenato all’altro, quasi fosse un racconto suddiviso in episodi; ogni singolo episodio è legato al successivo in maniera fluida ma esaustiva attraverso accurati apparati didascalici che illustrano in modo chiaro i rapporti di causa–effetto tra un evento e l’altro. Lo spettatore inoltre può usufruire di “piccole stazioni multimediali” ricche di contenuti audio e video riguardanti interviste agli archeologi e ricostruzioni visive dei siti di scavo e degli specifici reperti che li costituiscono.

Completano il variegato allestimento un’accurata riproduzione di esemplare di Elephas antiquus e particolari ricostruzioni abitative tra cui una tipica capanna del Paleolitico e una dell’Età del Bronzo.