Ospitato nella monumentale Rocca Albornoz, il museo propone un panorama sulle diverse realtà dell'Etruria meridionale interna. Particolare attenzione è rivolta alla ricostruzione della vita quotidiana degli Etruschi con la ricostruzione di edifici a grandezza naturale.

Al piano terra sono esposti i risultati degli scavi dell'Istituto Svedese nei siti di San Giovenale e di Acquarossa, vere pietre miliari per la conoscenza degli abitati etruschi di VII- VI sec. a.C. Il primo piano accoglie due sezioni dedicate al centro etrusco-romano di Ferento nei pressi di Viterbo, con la ricostruzione della scena del teatro decorata dalle statue delle Muse, e la presentazione del sito di Musarna, anch'esso vicino a Viterbo, che grazie agli scavi della Scuola Francese ha permesso di gettare nuova luce su di un centro etrusco dell'interno nel periodo della romanizzazione: a tale proposito si segnala l'eccezionale mosaico con iscrizione etrusca ivi rinvenuto.

All'ultimo piano trovano spazio i corredi funerari dei più importanti centri dell'Etruria meridionale interna ed infine, attraversando il loggiato di Paolo III Farnese, si raggiunge la stanza che custodisce la prestigiosa tomba della biga etrusca trovata ad Ischia di Castro.