La nascita del museo è legata al ritrovamento di una nave romana del I secolo a.C. a circa due miglia dalla costa ingauna. Nel 1950 furono commissionati i lavori per il recupero dell'eventuale materiale e nella prima fase la nave Artiglio, imbarcazione che effettuò il recupero, portò alla luce dopo quindici giorni di lavoro oltre mille anfore, numerosi vasi, oggetti di bordo e alcuni avanzamenti in legno della stessa nave romana.

La raccolta completa del museo conserva, oltre ai ritrovamenti della nave romana, anche materiali sottomarini rinvenuti dalle diverse esplorazioni subacquee, dal 1957 in poi, nei fondali circostanti l'isola Gallinara. Nella sala detta "degli affreschi", caratterizzata dalla presenza di portali in ardesia del XVI secolo e un camino, è stata allestita la raccolta dei vasi da farmacia provenienti dall'ospedale di Albenga; la collezione comprende all'incirca un centinaio di pezzi in ceramica bianca e blu, databili tra il XVI e XIX secolo, di fabbricazione savonese e albissolese.