Il Museo include tre sezioni: la prima e la seconda naturalistiche, la terza di valorizzazione del territorio e delle attività tradizionali.

Il Centro Informatico completa la prima sezione, con una sala dotata di attrezzature informatiche per l’elaborazione dei dati ambientali, l’archiviazione delle immagini, la realizzazione di numerosi testi scientifici e naturalistici.

La seconda sezione naturalistica del museo è costituita dall’area floro-faunistica della Riserva Naturale Lago di Penne, dov’è localizzato il Centro Lontra del WWF Italia.

La terza sezione di valorizzazione del territorio e delle attività tradizionali, attraverso la formazione professionale ed il recupero di arti antiche appartenute alla tradizione vestina quali la ceramica, il legno e la serigrafia, rappresenta l’elemento di connubio tra arte, uomo e territorio.