Beatrice discendeva dall'illustre casata degli Estensi, i quali, prima di trasferirsi a Ferrara, avevano signoria su Este e su parte del territorio padovano. Beatrice prese i voti inizialmente nel piccolo monastero di Santa Margherita di Salarola, tra Monte Cero e Monte Castello: dopo circa un anno e mezzo nel 1221, si trasferì sul Gemola riadattando i resti di un primitivo convento abbandonato. Qui visse insieme alle sue compagne con grande fervore religioso, fino a che la tisi non la portò alla morte nel 1226. La fama della sua santità si sparse rapidamente nella regione e il monastero fu oggetto, per tutto il Duecento, di generose offerte e lasciti. Nel 1576 le religiose del monastero del Gemola vennero trasferite a Padova e le spoglie di Beatrice traslate nella Chiesa di Santa Sofia. Dopo un periodo di abbandono il convento nel 1657 risulta di proprietà di un mercante veneziano. A tale epoca risale la trasformazione del monastero in villa, sistemazione in seguito non più modificata, tranne per l'antica area cimiteriale, in gran parte sconvolta all'inizio del secolo attuale a seguito della costruzione della barchessa. Il restauro del monumento promosso da Enti Pubblici negli anni Settanta e Ottanta è stato preceduto da accurate ricerche che consentono oggi di intravedere, all'interno della villa, tracce dell'antico monastero.

Attualmente alcuni locali al piano terra della villa sono stati destinati alla sezione naturalistica del museo provinciale. In questa sede vengono delineati gli aspetti vegetazionali e faunistici del territorio dei Colli e della circostante pianura. L’esposizione museale comprende sezioni dedicate a insetti, rettili, anfibi, uccelli e flora.