La raccolta oggi comprende 62 dipinti, 18 acquerelli, 92 disegni, 78 acqueforti, 2 sculture e 2 lastre incise. La collezione costituisce un'occasione unica di conoscenza del percorso artistico di Morandi, declinato in tutte le tecniche e illustrato in ogni suo momento e sfumatura poetica.

Il progetto espositivo, suddiviso in 11 sale ricavate dagli ex appartamenti del Cardinal Legato, analizza, attraverso un percorso cronologico, le stagioni che hanno caratterizzato l'attività dell'autore, dalla formazione alla maturità. Sin dalla sua nascita il museo si arricchisce di prestiti provenienti da collezioni private, generosamente concesse in deposito temporaneo, che offrono al visitatore la possibilità di scoprire opere per lo più inedite.