Il museo, è composto da 13 sale, caratterizzate da luci ed elementi grafici particolari tesi a creare un'atmosfera di impatto emotivo per il visitatore basato su simboli e graffiti.

La continuità delle sale è scandita dall'incisione di frasi alle pareti, che costituiscono la principale testimonianza del Museo: si tratta di brani scelti da Nelo Risi dalle Lettere dei condannati a morte della Resistenza europea (Einaudi, Torino, 1954); le frasi delle vittime incise sui muri trattano la loro terrificante esperienza nei Lager nazisti, e vogliono contribuire alla partecipazione emotiva del visitatore.

Le pareti di alcune sale sono decorate da graffiti su bozzetti di noti pittori, come Cagli, Guttuso, Léger, Longoni, Picasso, mentre le teche contengono reperti, materiali e fotografici, che documentano la vita dei prigionieri nei campi, raccolti e ordinati da Lica e Albe Steiner. L’ultima sala reca incisi sulle pareti e sulle volte i nomi di circa 15.000 cittadini italiani deportati nei lager.

Iscrizioni e graffiti sono stati incisi sul cemento fresco dai maestri della Cooperativa Muratori e Braccianti di Carpi; nel caso di scritte, l'incisione raggiunge un sottostante strato di intonaco color "sangue rappreso" che fornisce al testo il tono cromatico dominante.