Il Museo espone gli affreschi duecentechi del refettorio e della primitiva chiesa oltre ad affreschi trecenteschi di grande interesse storico ed artistico.

Tra gli altri, risaltano per valenza pittorica e per l'emozione che suscitano nel visitatore i Giusti, i Beati, due Angeli tubicini che meravigliano per la loro dolcezza, San Pietro in trono, l’Inferno attribuiti al Maestro dell’Albero della Vita.

Altri affreschi che suscitano una particolare emozione sono quelli rappresentanti Gesù tra i Dottori, il Battesimo di Gesù, la Madonna in trono col Bambino, il Miracolo della ruota di Santa Caterina di Alessandria, San Martino e il povero, l’Entrata di Gesù in Gerusalemme, il Giovane caduto da cavallo, che raffigura il miracolo della rianimazione di Napoleone Orsini effettuato da San Domenico. Queste opere assieme alla Visitazione sono state attribuite al Primo Maestro di Chiaravalle.