Il museo è il frutto del lavoro pluridecennale del biologo fiorentino Gianluigi Bini, un'autorità in materia, che ha raccolto e studiato negli anni circa 15mila specie diverse, provenienti da ogni angolo del mondo, dal Mar Glaciale Artico all'Adriatico.

Il Museo Malakos si compone di quaranta teche e quasi 3000 esemplari, disposti come un viaggio esplorativo del mondo attraverso le conchiglie di tutti i mari.

La sezione di biologia introduce al mondo dei molluschi con le loro tante curiosità; la sala di paleontologia ricostruisce come si è formata la terra con esemplari di invertebrati del lontano passato. Le sale di biogeografia illustrano la fauna e le abitudini di vita di ogni mare, i mangrovieti e le zone abissali, esemplari curiosi come lumache di terra dalle dimensioni decisamente extralarge e predatori marini dal veleno mortale.

Malakos ospita al suo interno anche la ricostruzione di una barriera corallina, composta da materiali provenienti dai sequestri del corpo forestale dello stato, con specie mai viste.