Il Museo trova la sue origini nelle mostre e nelle esposizioni missionarie che venivano allestite alla fine dell’ottocento e nel novecento. Gli oggetti furono portati in Italia con l’esplicito intento di illustrare al pubblico italiano e agli amici delle Missioni di Don Bosco la varietà dei contesti geografici, ambientali e culturali incontrati dai missionari. Gradualmente il materiale portato dai Missionari diventa testimonianza della presenza e dello sviluppo storico delle Missioni Salesiane.

Il Museo accoglie materiale culturale e artistico dalle Missioni del Giappone, del Centro america, del Sud Est Asiatico, dei paesi africani. Qui, a partire dal 1977, grazie al ‘Progetto Africa’ lanciato dal Successore di Don Bosco, don Egidio Viganò, riceve un impulso straordinario che porta i Missionari di Don Bosco in oltre 40 nazioni. Più recentemente giunge la testimonianza missionaria avviata in Indonesia, in Papua Nuova Guinea, in Mongolia e nella lontana Siberia.