Il Museo Etnografico e di Scienze Naturali, che prende nome dall'istituto, è un'importante collezione voluta dal Beato Allamano stesso. Egli desiderava che i religiosi del suo Ordine, impegnati nell'opera di evangelizzazione nei quattro angoli del mondo, raccogliessero, per poi venir organicamente sistemati in un museo vero e proprio, tutti gli oggetti e le informazioni riguardanti gli usi, i costumi, i riti, le lingue e gli ambienti delle popolazioni che entravano in contatto con l'attività dei missionari: si tratta di una quantità notevole di materiale di vario genere, tra cui di particolare rilevanza quello fotografico, assai significativo dal punto di vista antropologico ed etnografico. Le prime raccolte ditali materiali risalirebbero al 1902.

Una particolare attenzione fu rivolta all'acquisizione sistematica di esemplari di piante, anche rare, che sarebbero andate ad arricchire l'Erbario. Attualmente il Museo conserva finalità culturali, scientifiche e soprattutto di salvaguardia delle popolazioni locali, nella logica ed al servizio di una realistica e documentata animazione missionaria.