L'edificio stesso del Museo riveste un'importanza particolare nella vita della comunita' triestina. Una volta ospedale ebraico, fu usato nei decenni precedenti alla seconda guerra mondiale, fino al 1941, come sede dell’Agenzia ebraica che accoglieva i profughi in fuga dai nazisti che s'imbarcavano da Trieste per la Palestina o le Americhe. Fu allora, a meta degli anni venti, che ebrei polacchi crearono all'interno dell'edificio un piccolo oratorio di rito askenazita che rimase in funzione fino al 1987 ed oggi è parte dell'allestimento museale ed ancora occasionalmente usato per il culto.

Il materiale esposto proviene dalle tre sinagoghe sorte in città tra il 1748 e il 1825 e smantellate con l'inaugurazione del Tempio maggiore di Trieste nel 1912, e da donazioni private da parte di famiglie triestine. Si tratta di oggetti rituali, argenti, tessuti e libri (il più antico oggetto in esposizione è datato al 1594), che coprono quattro secoli di vita ebraica a Trieste. Tra di essi si segnalano alcuni curiosi libri di pegni in dialetto triestino scritti a mano in caratteri ebraici, e le due patenti sovrane concesse dall'imperatrice Maria Teresa d'Austria agli ebrei di Trieste il 19 aprile 1771.

Una sezione del museo è infine dedicata alla memoria degli ebrei triestini deportati con l' Olocausto. Sono esposti oggetti personali loro sequestrati alla partenza e restituiti alla comunità solo nel 2000 dopo essere rimasti dimenticati per anni in un sotterraneo del Ministero del Tesoro a Roma.