Il Museo è collocato all’interno della chiesa di San Giuseppe. Gli spazi sono stati recentemente restaurati e destinati al nuovo uso. Subito dopo l’ingresso della chiesa, chiamata anche Santa Maria della Concezione o “chiesa dentro”, nella cappella della Concezione, per la quale venne realizzato, si trova il Gonfalone della Madonna delle Grazie realizzato attorno al 1470 dalla bottega di Benedetto Bonfigli.

Lungo la navata, dove nel 2000 sono riemersi una serie di affreschi votivi risalenti al XV secolo (due recano la data 1444 e 1449) raffiguranti santi e Maestà, sono alcune statue lignee: San Giuseppe, del XVII secolo; due Addolorate una del XVII e una del XVIII e una Vergine del Rosario, con capelli veri, del XVII secolo, una Natività, della fine del XVIII secolo. E’ inoltre presente un Gesù bambino detto dell’Aracoeli in cera dipinta. In alto, al di sopra dell’altare, nella sua antica collocazione è la Crocifissione di scuola bolognese della metà del XVIII secolo.

All’interno dello spazio presbiteriale dominato dalla deliziosa cantoria e inquadrato dalle due colonne neoclassiche, oltre alcuni rilievi del XVII e XVIII secolo (Angelo, Ecce Homo, Testa di Cristo e Immacolata) e la statua di San Giuseppe, posta nella nicchia sull’altare, sono una serie di espositori nei quali sono collocati pregevoli arredi ecclesiastici del XVI-XVIII secolo: croci; ostensori; calici; pissidi; servizi da mensa, da aspersione e da incenso; reliquiari; tabernacoli; carteglorie, candelabri e candelieri. Tra i calici si segnalano reperti di grande valore come quello datato 1591 ed altri due esemplari del XVI secolo. É qui collocata, nello spazio che l’ha sempre ospitata, la tela di Francesco Appiani (1704-1792) raffigurante lo Sposalizio della Vergine. Oltrepassate le tabelle confraternali si sale al piano ammezzato dove sono la saletta dei reperti archeologici, rinvenuti dopo la seconda guerra mondiale nei pressi dell’area archeologica di Fonteboccio. Nella stanza adiacente trovano posto alcuni tra i paramenti sacri più significativi del territorio, per importanza ed antichità. Una piccola apertura introduce all’interno del vecchio campanile ed ancora nella cantoria, dove si conserva un pregevole organo di Adamo Rossi datato 1795.