Il Museo diocesano custodisce circa 300 opere, di cui quasi un centinaio sono esposte in un percorso di visita articolato in sette sezioni. Le sale contengono reperti e opere d’arte provenienti dal territorio della Diocesi, come l’edicola di Matteo da Gualdo (Gualdo Tadino 1430/35 ca. -1507) raffigurante la Madonna col Bambino e i Santi Antonio Abate e Francesco d’Assisi. Da segnalare la sala Nicolò Alunno dominata dal quattrocentesco Polittico di San Rufino, opera del pittore folignate Nicolò di Liberatore detto l’Alunno.

Al percorso espositivo si accede da Palazzo dei Canonici, sul lato destro di Piazza San Rufino oppure dall’interno della Cattedrale, attraverso le scale che conducono alla Cripta.

La Cripta di San Rufino, gioiello architettonico romanico dell'XI secolo: suggestivo ambiente in tre navate absidate con affreschi raffiguranti i Simboli degli Evangelisti (XI secolo) e una Madonna (XII secolo). Inoltre, vi si conserva il sarcofago romano (inizi III secolo d.C.) con il Mito di Selene ed Endimione, in cui fu deposto il santo; è visibile anche una parte del muro romano in opus quadratum che è stato rinvenuto sotto la Cattedrale.