Il Museo raccoglie moltissime opere provenienti dalla vecchia Cattedrale barocca, nonché da altre chiese della Città oramai chiuse.

L’allestimento, per il momento ancora temporaneo, presenta soprattutto dipinti e sculture, in particolare una notevole, quantitativamente e qualitativamente, collezione di sculture lignee, categoria questa, di recente rivalutata rispetto al passato.

Nel portico svevo che fa da ingresso sono collocate 5 statue marmoree facenti parte di 2 gruppi distinti, fra cui si segnalano S. Pietro e S. Paolo, dalla Cattedrale barocca, copie delle statue di Montorsoli per il Duomo di Messina.

Al piano superiore, i resti del medioevo, tra cui il frammento del sepolcro di Andrea de Rogerio, introducono le sale dedicate alla Madonna: la bellissima Incoronazione della Vergine, proveniente dalla chiesa della Pietà, di scuola siciliana del XVII sec., è posta in fondo, fra i Santi Gioacchino e Anna (dalla chiesa della Michelizia); un piccolo vestibolo ospita S. Antonio che riceve il Bambino, di scuola napoletana, e S. Antonio difra’ Diego da Careri (chiesa dell’Annunziata), straordinario nell’eleganza della posa che, in pieno ’600, richiama modelli medievali.

Da segnalare le interessanti tele di Giuseppe Grimaldi, maggior pittore tropeano del Settecento, fra cui si segnala una Gloria dell’Immacolata di indubbia derivazione giordanesca; di fronte a questa è una teca che racchiude gioielli della Madonna, in particolare alcune corone, due delle quali di produzione locale.