Il Museo, allestito negli antichi ambienti terranei dell'Episcopio di Manfredonia, nasce con il compito di accogliere e custodire i più significativi 'signa', legati al "genio e alla spiritualità" della Chiesa sipontina, quale ideale prosecuzione di un ininterrotto percorso artistico, culturale e spirituale di una delle Diocesi più antiche d'Italia "le cui radici affondano in età apostolica" (Giovanni Paolo II, 1987). Un prezioso scrigno composta da reperti lapidei, argenti, dipinti e paramenti sacri che narrano il palinsesto della religiosità dei sipontini e restituisce, al contempo, visione storica e godimento estetico accanto alla funzione catechetica.

L'allestimento ne ripercorre cronologicamente i momenti più significativi: dal V secolo dominato dalla figura del vescovo Lorenzo, patrono della città, beneficiario dell'Apparitio che segna la nascita dell'antico santuario di s. Michele al Monte Gargano, qui testimoniato dai preziosi resti di arredi liturgici della basilica di Santa Maria, per passare secolo della riconquistata autonomia della diocesi(IX), testimoniato dal rinnovo degli arredi liturgici ad opera dell'Acceptus.

Il corridoio degli arcivescovi, vero luogo della memoria organizzato come una raccolta cronologica di biografie e relativa iconografia araldica, introduce alle sezioni moderne costituite dalla sala della liturgia e della sala dedicata alla figura dell'arcivescovo Orsini con preziosi reperti in argento, tessuti, testi manoscritti e a stampa etc.