Il museo diocesano di Catania ha sede nel palazzo del Seminario dei Chierici attiguo alla cattedrale di Sant'Agata. Dal museo si accede sia alle terrazze del palazzo del Seminario dei Chierici e di porta Uzeda, da cui si ammirano due splendidi panorami: da un lato, lo spettacolo di piazza del Duomo di Catania con la fontana dell'Elefante e via Etnea con il monte Etna sullo sfondo; dall'altro, le mura di Carlo V, il porto di Catania con gli archi della Marina fino al castello Ursino. Sempre dal museo si accede anche allo splendido Complesso sotterraneo delle terme Achelliane, un viaggio nelle viscere della città, dove scorre il fiume Amenano le cui acque risalgono in superficie nella vicina fontana dell'Amenano nella piazza antistante.

Il museo è strutturato in due distinte sezioni che comprendono, la prima, gli arredi sacri della cattedrale di Catania e la seconda, arredi provenienti da altre chiese della città e da chiese della provincia etnea. Quest'ultima sezione comprende anche la pinacoteca inserita nel museo. L'ambiente espositivo è suddiviso su quattro piani oltre ad un ambiente a piano terra che contiene il fercolo di Sant'Agata, in argento finemente cesellato.