Il Museo Diocesano di Bari, allestito nelle ampie sale al primo piano dell’Episcopio raccoglie un’eredità storica e culturale che si identifica profondamente nella radice cristiana della comunità barese e la propone al visitatore attraverso un percorso carico di suggestione. La collocazione fisica del Museo riporta il visitatore all’interno dell’antico polo culturale e religioso della cristianità latina della Cattedrale e dell’Episcopio. La visita si articola in cinque sezioni: lapidario, pinacoteca, tesoro, paramenti sacri e i caratteristici rotoli degli Exultet. Inoltre è a disposizione un centro di documentazione costituito da biblioteca specializzata e documentazione d’archivio.

Sin dal corridoio è possibile osservare dei dipinti del Settecento provenienti da chiese locali; una saletta è dedicata alle icone di matrice bizantina, tra queste la Madonna dello Zaffiro, la più popolare Madonna delle Grazie. In un'altra sala spiccano la tavola centrinata, proveniente dall'antica cattedrale di Monopoli. In fondo al corridoio si accede si accede alla sala dedicata alla pittura napoletana, con la splendida tela di Paolo Finoglio, la Madonna in gloria tra Sant'Eligio e San Trifone, eseguita come ex voto intorno al 1634.