Il Museo è indubbiamente famoso per la presenza di alcune opere del Beato Angelico, fra cui l’”Annunciazione” e di Luca Signorelli e della sua scuola. E’ però interessante per la raccolta di opere di scultura e pittura senese del ‘300 con Pietro Lorenzetti e Niccolò di Segna, una tavola di scuola aretina del Margheritine, un pregiato sarcofago in marmo del II sec. d.C., ritrovato in un’area sottostante nel 1247 e posto sotto l’altare maggiore della Pieve di Santa Maria, poi Cattedrale di Cortona, ad ospitare le spoglie del Beato Guido, uno dei compagni cortonesi di S.Francesco; un polittico del Sassetta, “L’Assunta dona la cintola” di Bartolomeo della Gatta, la pittura post-signorelliana, gli arredi sacri e l’oreficeria con il Calice Casali e il Parato Passerini, i cartoni per i mosaici della Via Crucis di Gino Severini. Inoltre splendida è la cornice architettonica con l’ex Chiesa del Gesù, col soffitto in legno intagliato, il già citato Scalone del Berrettini, l’Oratorio del Gesù con il prezioso Coro del ‘500 e gli affreschi cinquecenteschi di scuola vasariana.