Le due sedi museali (una presso il Palazzo Centrale dell’Università, ed una presso l’Orto Botanico) comprendono numerose e importanti collezioni come, ad esempio, quella dei reperti naturalistici ed etnografici raccolti dal Capitano Vittorio Bottego durante le sue esplorazioni nell’Africa delle imprese coloniali, o la collezione Fourcault, il primo nucleo dell’attuale museo, che raccoglie animali impagliati racchiusi in campane di vetro, ancora perfettamente conservati dal 1700 a oggi. Infine, la Collezione Del Prato comprende esemplari di mammiferi, uccelli, rettili, anfibi e pesci: uno strumento particolarmente utile per ricostruire la ricchezza del paesaggio naturale del passato nel parmense. Dal 1988, nella nuova sede di Via Farini, presso l’Orto Botanico, sono allestite anche sale didattiche su molluschi, cnidari, artropodi e altri invertebrati, fauna urbana ed evoluzione biologica.