Il museo comprende le esposizioni permanenti delle sale degli uccelli, in cui trovano posto le collezioni di specie locali e quelle esotiche di Oddo Arrigoni degli Oddi, tra cui i coloratissimi colibrì, la sala dei diorami, con le ricostruzioni di habitat e ambienti locali, la sala del Theatrum Naturae e la camera delle meraviglie. Nella sezione preistorica sono ricostruzioni di due diversi momenti del Quaternario italiano: un diorama in cui è stato ricostruito fedelmente l'accampamento di Homo erectus rinvenuto a Isernia; una pregevole pittura e le imponenti ricostruzioni di un mammut e di un rinoceronte lanoso. Interessante la collezione Rimoli, la raccolta più completa dei minerali dell'Alpe Adria.