Situato nella parte Nord del "piano delle sale", presso il Liceo del Seminario di Venegono, il Museo è intitolato al prete ambrosiano e insegnante presso l'istituto Antonio Stoppani, come dicono la piccola lapide sulla porta di ingresso e il busto di Stoppani, scolpito da Francesco Wildt e donato dalla nativa Lecco, collocato al centro della parete di sinistra.
L’esposizione si articola fra le raccolte paleontologiche, zoologiche, mineralogiche e petrografiche. La collezione comprende esemplari di gheppi, nibbio reale, fossili del Mesozoico lombardo, rocce, minerali e testimonianze preistoriche del lago di Varese. Famoso ospite del museo è anche il gigantesco coccodrillo del Nilo di cinque metri.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.