II Museo è disposto in otto sale: Zoologia, Botanica - Funghi, Mineralogia Cristallografia, Rocce eruttive e metamorfiche, Rocce sedimentarie, Ere geologiche, Fossilizzazione, Geomorfologia del territorio.

Le prime notizie della presenza in Seminario di un gabinetto di Fisica con annessa collezione di conchiglie "pietrificate" risale alla prima metà del secolo XIX. Il materiale, che nella seconda metà del XIX secolo aveva subito seri deterioramenti, è stato riordinato ed arricchito da Mons. Bianchini (1874-1938) alla cui abilità tecnica si devono: i modelli in gesso di funghi, le tavole anatomiche di Zoologia e Botanica, e gli animali preistorici esposti in museo.