Il museo di San Leonardo, sorto nel 2000, è dislocato lungo il matroneo delle claustrali benedettine, che vissero in questo luogo sacro.

La peculiarità dei manufatti d’arte ammirabili in tale contenitore culturale consiste nell’essere fruibili negli spazi in cui vennero utilizzati dalle religiose che li commissionarono; essi sono, dunque, lo specchio fedele di una temperie culturale-religiosa tanto locale quanto di respiro nazionale ed internazionale. A questo nucleo di oggetti d’arte sacra se ne affianca un altro, quello del pio sodalizio di San Giuseppe, confraternita attiva in San Leonardo.

Il visitatore compie un viaggio nell’arte sacra dal XVI al XXI sec., nel corso del quale ammira una macchina delle quarant’ore e argenti, crocifissi, reliquiari, copribara, messali ed altro ancora. La suggestione suscitata da queste testimonianze artistiche è amplificata dalla cornice del matroneo, giocata dall’alternanza di zone d’ombra e di luce, da cui godere di una vista privilegiata dell’intera chiesa, in passato esclusiva delle Benedettine nere, le quali ne godevano nascoste agli sguardi degli astanti dalle grate ancora oggi in situ.