L’attuale organizzazione delle collezioni mineralogiche è articolata in due parti: la prima riguarda la sistematica mineralogica, mentre la seconda comprende sia campioni mineralogici di maggiore interesse regionale sia quelli di grandi dimensioni.

Su ogni campione esposto è riportato un numero d'ordine e, sui campioni di più vecchia data, anche il numero di catalogo riferibile a quello di Sartorio menzionato nella storia del museo. Per quanto possibile è stata lasciata sulla basetta di ogni campione la cartellinatura originale per non fare perdere al museo la sua memoria storica, con la consapevolezza che spesso, sia il nome riportato che, la località di provenienza non tengono conto delle indicazioni suggerite dalla recente letteratura e delle modificazioni geo-politiche verificatesi negli ultimi anni.