Le collezioni museali sono solo parzialmente catalogate, perciò la stima della loro consistenza numerica è inevitabilmente approssimativa:
si calcolano circa 20.000 oggetti.

Per tipologia, si possono genericamente suddividere in quattro nuclei principali:

- collezioni osteologiche
- collezioni paletnologiche
- collezioni etnografiche
- collezione di oggetti d'Arte orientale

Le collezioni di Mineralogia, Geologia e Paleontologia, Zoologia e Antropologia sono state integrate nel nuovo MUSEO DELLA NATURA E DELL’UOMO di Palazzo Cavalli.